公休被扣除可能存在以下法律风险点：1.经济损失风险：若公司违法扣除公休工资，员工可能损失应得的劳动报酬。例如，员工每月公休4天，公司无故扣除2天工资，导致月收入减少。2.证据链风险：若员工未保留考勤记录、工资条等证据，可能无法证明公休被扣除的事实，导致维权失败。例如，员工主张公休被扣除，但无法提供考勤记录，公司否认扣除行为，员工可能因证据不足败诉。
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关于公休被扣除是否合法的问题，需结合具体情况判断。以下为您分析不同情形下的合法性：1.若公司扣除的是法定公休日工资，且无合法依据（如未安排补休或支付加班费），则扣除行为违法；若扣除的是超出公司规定的额外公休天数工资，且公司规章制度合法有效，则可能合法。2.若公司因员工违反规章制度（如无故超休）扣除公休工资，需满足规章制度经民主程序制定且已告知员工，否则扣除行为违法。3.若公司与员工协商一致调整公休并扣除相应工资（如员工自愿放弃部分公休），且有书面协议，则扣除行为合法。
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针对公休被扣除是否合法的问题，可依据《工资支付暂行规定》和《中华人民共和国劳动法》进行分析：根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资，仅在代扣个人所得税、社会保险费等法定情形下可扣除工资。若公司扣除公休工资不属于上述情形，则违法。同时，《劳动法》第四十四条规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，需支付不低于工资200%的报酬。若公司未安排补休或支付加班费，却扣除公休工资，违反该条款。综上，公休被扣除是否合法，需看是否符合法定扣除情形及是否依法支付加班报酬。
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公休被扣除的处理可能受以下特殊情况影响：1.公司规章制度不明确：若公司未明确规定公休天数或扣除规则，可能导致扣除行为缺乏依据。例如，公司未在制度中说明超休如何扣除工资，却直接扣除员工公休工资，员工可主张扣除行为违法。2.员工自愿放弃公休：若员工因个人原因自愿放弃公休，并与公司签订书面协议，公司扣除相应工资可能合法。例如，员工因私事申请额外公休，同意扣除该期间工资，公司扣除行为有效。3.公司因生产经营调整公休：若公司因生产需要与员工协商调整公休时间，并安排补休或支付加班费，扣除原公休工资可能合法。例如，公司旺季安排员工加班，承诺淡季补休，此时扣除原公休工资不违法。

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