违法建筑确认时，会受以下特殊情况影响：
1. 历史遗留问题：上世纪部分无合法规划手续的房屋，因政策调整或地方特殊处理，可能不被直接认定为违法建筑，影响认定结果。
2. 征收范围内建筑：征收过程中，市、县级人民政府组织调查认定，部分无证建筑可能被认定为合法并获补偿。
3. 涉及公共利益的建筑：如临时医疗点等临时性公益设施，虽手续不全，但出于公共利益考虑，可能不被认定为违法建筑，影响处理方式。
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违法建筑确认涉及多因素，以下是直接解答：
违法建筑由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门确认。不同情况处理方式不同：
1. 未取得建设工程规划许可证：属典型违法建筑，主管部门可依法责令停止建设、限期改正或拆除。
2. 取得许可证但未按许可建设：仍属违法建筑，需视能否改正决定后续处理。
3. 历史遗留问题建筑：部分地方政府可能出台特殊政策，不直接按违法建筑对待。
4. 征收范围内无证建筑：由市、县级人民政府组织调查、认定和处理，可能不直接认定为违法建筑。
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处理违法建筑确认问题时，常见错误操作有：
1. 忽视城乡规划主管部门通知：当事人收到整改或拆除通知后，未及时回应或采取法律手段，错过最佳维权时机。
2. 擅自拆除或改建违法建筑：未明确处理结果前擅自行动，可能影响后续维权，甚至被认定为默认违法。
3. 忽视证据保存：未保留建设工程规划许可证、审批文件、施工记录等关键证据，无法证明建筑合法性。
若您面临违法建筑认定问题，建议及时咨询我，我会为您提供解答，避免因操作不当造成不必要损失。
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违法建筑由什么部门确认？可依据以下法律条文分析：
《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条规定，未取得建设工程规划许可证或未按许可证建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设，并根据情节作出限期改正、罚款、限期拆除或没收实物等处理。该法条明确认定主体为城乡规划主管部门。
此外，《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条规定，房屋征收决定前，市、县级人民政府应组织有关部门对未经登记建筑进行调查、认定和处理。这表明征收中违法建筑认定仍需城乡规划主管部门参与，最终由政府综合判断。
综上，无论日常监管还是征收阶段，违法建筑认定主体均为城乡规划主管部门，具有法定职责和权力。

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